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“Edit” puis “add images and other files”

Lors de l'envoi d'un fichier dont la taille est supérieure à 2Mo, on est confronté à une restriction de PHP qui bloque les transactions pour des fichiers trop gros.

Un moyen de contourner ce problème avec dokuwiki est d'utiliser le protocole webdav qui n'a pas de restriction sur la taille des fichiers. Ensuite, il reste à savoir où mettre ces fichiers.
Prérequis de cette solution : avoir les droits pour accéder par webdav aux fichiers du wiki.

Première chose à comprendre : où sont stockés les documents uploadés dans dokuwiki ?
Dans la structure d'un site dokuwiki, tous les documents uploadés (presentation, tableur, etc) sont stockés dans le répertoire data/media en partant de la racine du site. A l'intérieur de ce répertoire, chaque namespace du wiki est traduit en répertoire. Donc si vous voulez mettre votre document dans un namespace particulier, il faudra le copier dans le répertoire correspondant.

Note importante : Les noms des documents doivent être écrits sans espace et en n'utilisant que des minuscules.

Une fois le fichier uploadé via webdav, il est désormais visible dans la liste des documents disponibles (icone “Ajouter des images et autres fichiers” dans la fenêtre d'édition d'une page du wiki).

Exemple d'adresse webdav pour le wiki de l'équipe : webdavs:webdav.irisa.fr/www.irisa.fr/htdocs/visages/data/media ====== Comment indiquer les bonnes affiliations dans la signature des publications? ====== Voir le détail donné dans le pdf suivant: ReglesSignaturesVisages.pdf ====== C'est quoi ITK-SNAP? (What's ITK-SNAP?) ====== ITK-SNAP is an ITK based software designed for interactive segmentation. There are options for manual and semi-automatic segmentation using only one image at a time (no multi-sequence segentation yet). You can download the software, and there's a small tutorial on how to use it in this page. ITK-SNAP does not accept GIS format but will read all the formats accepted by ITK. Two options are available to import the data: - Import .ima as raw data: but then you'll have to fill all the image data by hand - Convert GIS to a supported format and then load it normally in ITKSNAP To convert data (for example use Nifti (*.nii), NEVER Analyze) : <code bash> gis2ITKwriter -i (gisImage) -o (niiImage.nii) </code> Then open the image in ITK-SNAP (for example directly from the command-line with option -g) : <code bash> itksnap -g (niiImage.nii) </code> Once finished segmentation, save the segmentation image in Nifti format again. Then convert the image to GIS again, the image should have the good orientation: <code bash> ITKreader2gis -i (savedImage.nii) -o (savedgisImage) </code> ITK-SNAP saves images in unsigned short, to save space and to be useable in Vistal, better transform the images to unsigned char: <code bash>IO -i (savedgisImage) -o (savedgisImage_U8) -t U8 -n </code> (-t to select the type of image you want, -n will keep the numeric values exactly the same) ====== Comment utiliser Matlab sous ubuntu ? ====== Si votre ordinateur n'a pas été installé par l'atelier, les raccourcis pour accéder aux applications (notamment Matlab) au sein de l'IRISA n'ont pas été mis en place. Pour remédier à ce problème, il suffit de lancer la commande suivante (il vous faut le paquet “nfs-common” téléchargeable via Synaptic) : <code bash> sudo mount -t nfs nas1b:/vol/ren1b_soft_unix/soft/soft_ro/matlab/current /soft/matlab </code> Pour lancer Matlab: <code bash> /soft/matlab/bin/matlab </code> Attention les programmes ne fonctionnent pas si vous n'êtes pas connecté au réseau de l'IRISA.
Par ailleurs, si au lancement de Matlab vous obtenez le message d'erreur suivant : <code bash> Locking assertion failure. Backtrace: #0 /usr/lib/libxcb-xlib.so.0 [0xb4c457c7] #1 /usr/lib/libxcb-xlib.so.0(xcb_xlib_lock+0x2e) [0xb4c4596e] #2 /usr/lib/libX11.so.6 [0xb543f619] #3 /usr/lib/libX11.so.6(XGetVisualInfo+0x26) [0xb5435666] #4 /soft/matlab/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386/xawt/libmawt.so [0xa1c20319] #5 /soft/matlab/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386/xawt/libmawt.so [0xa1c20565] #6 /soft/matlab/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386/xawt/libmawt.so [0xa1c213c9] #7 /soft/matlab/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386/xawt/libmawt.so(Java_sun_awt_X11GraphicsEnvironment_initDisplay+0x2f) [0xa1c2161f] #8 [0xaeccdecd] #9 [0xaecc6edd] #10 [0xaecc6edd] #11 [0xaecc4249] #12 /soft/matlab/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386/client/libjvm.so [0x621c40d] #13 /soft/matlab/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386/client/libjvm.so [0x6310378] #14 /soft/matlab/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386/client/libjvm.so [0x621c2a0] #15 /soft/matlab/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386/client/libjvm.so(JVM_DoPrivileged+0x363) [0x6272153] #16 /soft/matlab/sys/java/jre/glnx86/jre/lib/i386/libjava.so(Java_java_security_AccessController_doPrivileged__Ljava_security_PrivilegedAction_2+0x3d) [0xb0d7a96d] #17 [0xaeccdecd] #18 [0xaecc6d77] #19 [0xaecc4249] </code> vous pouvez le corriger en tapant la commande suivante avant de lancer Matlab (en premplaçant les X par le numéro de la version disponible sur votre machine). <code bash> export MATLAB_JAVA=/usr/lib/jvm/java-X-sun-X.X.X.XX/jre/ </code> ====== Ubuntu: Comment changer les droits en écriture sur un disque dur externe en NTFS ? ====== == Description du problème == Sous ubuntu un disque dur externe branché en USB est détecté automatiquement et monté. Une icône apparaît sur le bureau et il est possible de parcourir les dossiers. Le problème survient lorsque l'on écrit sur le disque, par défaut les fichiers créés sont attribués à l'utilisateur root. Ceci peut être problématique, notamment dans le cas où l'on écrit un fichier sur le disque et que l'on souhaite le modifier par la suite. == Solution == Ubuntu/Linux: Comment changer les droits en écriture sur un disque dur externe en NTFS ? : Lire la solution détaillée ====== Comment lire et écrire des images au format PGM ? ====== Le format PGM : http://fr.wikipedia.org/wiki/Portable_pixmap Si vous avez besoin d'extraire des coupes d'images GIS au format PGM par exemple, ou de lire les pixels d'un fichier au format PGM, vous pouvez récupérer le code à http://www.cse.unr.edu/~bebis/CS308/Code/ : pratique et rapide. Vous n'avez qu'à récupérer : * “image.h” * “image.cpp” * “ReadImage.cpp” → Vous indiquez le chemin vers l'image PGM et il vous construira l'image lue (de leur type “ImageType”). * “WriteImage.cpp” → Vous indiquez le chemin du fichier PGM que vous voulez écrire et l'ImageType remplie de vos pixels, un fichier PGM sera écrit. ====== Comment extraire les données d'un CD Dicom ? ====== Je vous conseille l'utilisation de l'outil “dcm2nii” dont il existe un binaire du même nom et une interface graphique “dcm2niigui”. Objet : Cet outil, robuste et simple, permet d'extraire les données Dicom en plusieurs fichiers Nifti “.nii”, qu'on peut par la suite convertir en Gis via “nii2gis” dans les Vistal-Tools. Installation : http://www.sph.sc.edu/comd/rorden/mricron/install.html Exemple d'utilisation du binaire : <code> ./dcm2nii -a y -b INI_FILE -o OUTPUT_DIRECTORY DICOM_DIRECTORY </code> “-a” to anonymize files “-b” to use predefined parameters described in specified file (please refer to http://www.sph.sc.edu/comd/rorden/mricron/dcm2nii.html ) “-o” to store output “.nii” files in specified directory ====== Comment écrire un binding python de sa bibliothèque C++ avec Boost::Python? ====== == Description du problème == == Solution == Comment écrire un binding python de sa bibliothèque C++ avec Boost::Python ? : Lire la solution détaillée ====== Comment configurer SVN pour Eclipse sous Windows ====== == Description du problème == == Solution == Comment configurer SVN pour Eclipse sous Windows : Lire la solution détaillée ====== Quelles sont les dates à retenir pour les conférences ? ====== La plupart des conférences qui nous intéressent sont répertoriées sur ce site ISI Conferences List. Voici un tableau, pas forcément à jour, récapitulant les informations concernant les conférences importantes pour l'équipe. Elles y sont classées par deadline quand celle-ci est connue. ^ Nom de la conférence ^ Deadline ^ Date de retour des reviews ^ Date de la conférence ^ Lieu de la conférence ^ | MICCAI '10 (Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention) | 11/03/2010 | 18/05/2010 | du 20 au 24 septembre 2010 |Pekin, Chine | | ECCV '10 (European Conference on Computer Vision) | 17/03/2010 | 01/06/2010 | du 5 au 11 septembre 2010 |Heraklion, Crête, Grèce | | EMBC '10 (Engineering in Medicine and Biology Conference) | 01/04/2010 | 01/06/2010 | du 31 août au 4 septembre 2010 | Buenos Aires, Argentine | | ICSIP '10 (International Conference on Signal and Image Processing) | 30/04/2010 | 31/05/2010 | du 25 au 27 août 2010 | Singapour, Singapour | | AMIA '10 (American Medical Informatics association) | ? ? ? | ? ? ? | du 13 au 17 novembre 2010 | Washington, DC, USA | | SPIE Medical Imaging '11 | 02/08/2010 | 08/10/2010 | du 12 au 17 février 2011 | Orlando, Florida, USA | | ISBI '11 (International Symposium on Biomedical Imaging) | 28/10/2010 | 4/01/2011 | du 30 mars au 2 avril 2011 |Chicago, Illinois, USA | | CVPR '11 (Computer Vision and Pattern Recognition) | 11/11/2010 | 18/02/2011 | du 20 au 25 juin 2011 | Colorado Springs, USA | | IPMI '11 (Information Processing in Medical Imaging) | 13/12/2010 | 25/02/2011 | du 3 au 8 juillet 2011 | Monastry Irsee, Germany | | CARS '11 (Computer Assited radiology and Surgery) | 10/01/2011 | ??? | du 22 au 25 juin 2010 | Berlin, Germany | | ICIP '11 (International Conference on Image Processing | ??? | ??? | du 11 au 14 septembre 2011 | Brussels, Belgium | | Human Brain Mapping '11 | ??? | ??? | du 26 au 30 juin 2011 | Québec, Canada | | MICCAI '11 (Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention) | ??? | ??? | du 18 au 22 septembre 2011 |Toronto, Canada** |